La déforestation provoque-t-elle de nouvelles maladies ?

En janvier 2019, une équipe de chercheurs a mis en évidence un lien entre la défriche de parcelles forestières sur l’île de Bornéo et le nombre de cas de malaria. La déforestation entraînerait une augmentation des populations d’Anopheles leucosphyrus, le moustique vecteur du parasite de la malaria (en Malaisie, Plasmodium knowlesi). Une étude loin d’être isolée. Dans une méta-analyse portant sur 67 pays, des chercheurs ont montré une corrélation forte entre le taux de déforestation et le taux de prévalence de la malaria. 

Cependant, certains auteurs ont montré que l’augmentation de la déforestation pourrait dans certains contextes faire baisser le nombre de cas de malaria. Dans un commentaire détaillé à la revue médicale The Lancet, le biologiste Gabriel Zorello Laporta propose une explication : le lien entre déforestation et malaria dépend de plusieurs facteurs comme, par exemple, l’ampleur de la dégradation forestière, sa surface, son ancienneté ou encore l’écologie de l’espèce locale d’Anopheles. En Amazonie, il s’agit Anopheles darlingi et Gabriel Zorello Laporta constate ainsi, études statistiques à l’appui, que le nombre de ces moustiques vecteurs de la malaria est plus élevé lorsque le couvert forestier est compris entre 40% et 70%. En effet, les conditions optimales de reproduction de l’Anopheles darlingi sont réunies lorsque le moustique dispose de lieux de ponte partiellement ombragés et que les émergences de femelles moustiques se font à proximité des communautés humaines. Des conditions cumulatives qui ne se rencontrent ni en forêt primaire, ni lorsque les terres sont exposées en plein soleil.

La dégradation des forêts augmente le contact entre les Hommes et les animaux

Davantage que la déforestation, les processus de dégradation forestière pourraient ainsi jouer un rôle clé dans l’émergence de nombreuses pathologies en augmentant les interfaces entre les populations humaines et les populations animales forestières. Un exemple bien documenté est celui du virus Ebola. Le virus est identifié pour la première fois en 1976 en République Démocratique du Congo : après avoir consommé de la viande de brousse achetée en bord de route, un enseignant meurt quelques jours plus tard d’une fièvre hémorragique. Une fièvre qui se révèle rapidement extrêmement contagieuse et meurtrière. Le virus Ebola est un virus dit « zoonotique » c’est-à-dire qu’il est capable de passer d’une espèce à l’autre. Des études génétiques poussées ont permis de montrer que des éléments génétiques proches du virus Ebola se trouvent dans le génome de nombreux mammifères forestiers ce qui tendrait à prouver une interaction de plusieurs dizaines de millions d’années. Dans un article de la revue Science, datée de juin 2017, le journaliste scientifique Kai Kupferschmidt recense les hypothèses permettant d’expliquer la transmission de ce virus à l’Homme. Les chauves-souris frugivores (Hypsignathus monstrosus, Epomops franqueti et Myonycteris torquata) pourraient constituer un réservoir naturel du virus. Grâce à des anticorps présents dans leur sang, ces chauve-souris sont des porteurs sains du virus mais elles pourraient le transmettre à d’autres espèces soit par leur salive, par leurs crottes ou encore par leur consommation. En ouvrant le milieu forestier, les communautés humaines modifient les équilibres entre espèces : certaines espèces comme les chauve-souris frugivores s’accommodent très bien de ces changements et prolifèrent, quand d’autres, au contraire, disparaissent. Surtout, la multiplication des activités humaines dans des zones forestières jusqu’alors préservées favorise la transmission de maladies des animaux vers les Hommes : c’est par exemple le cas du virus du sida (HIV-1) qui serait issu d’une mutation d’un virus très proche présent dans des populations de chimpanzés et de gorilles du Cameroun.

Le coronavirus (SARS-CoV-2 ou COVID-19) est un autre exemple de virus zoonotique. Dans un article publié le 17 mars 2020 dans la revue Nature, une équipe de chercheurs en a décortiqué le génome. Conclusion : ce coronavirus n’est pas issu d’une manipulation humaine, insistent les chercheurs pour tordre le cou aux théories complotistes, mais trouve son origine dans le monde animal. Ce virus partage ainsi 96% de son génome avec une forme proche (RaTG13) trouvée chez une espèce de chauve-souris (Rhinolophus affinis). Une similarité qui n’explique toutefois pas la transmission à l’Homme car la séquence codant pour des protéines de l’enveloppe externe du virus diverge. Or, ces protéines jouent un rôle clé dans la transmission du virus. Les chercheurs se sont donc intéressés à d’autres espèces animales et ont découvert dans le sang de pangolins de Malaisie (Manis javanica), une forme un peu moins proche du virus pour l’ensemble de son génome mais avec davantage de similarité pour la séquence codant ces protéines de l’enveloppe externe. Comme de nombreux agents infectieux, les coronavirus mutent régulièrement : en forêt, ces mutations constituent une forme d’adaptation et, sur le long terme, elles constituent le moteur de la fabrication de nouveaux virus. Cette biodiversité virale est-elle une menace pour les Hommes ? 

Écosystèmes vs pathosystèmes

D’après le chercheur Serge Morand : plus il y a de biodiversité, plus il y a de maladies infectieuses mais elles ont peu de risques de devenir des épidémies. Ce phénomène a été théorisé par le concept d’effet de dilution. Deux chercheurs de l’Institut d’Étude des Écosystèmes de New-York, Kenneth Schmidt et Richard Ostfeld, ont mis en avant cet effet en s’intéressant à la maladie de Lyme provoquée par la bactérie Borrelia burgdorferi. Cette bactérie est transmise à l’Homme par les tiques mais, dans l’écosystème forestier, elle est présente dans de nombreuses espèces animales. Les chercheurs ont montré que la présence de cette bactérie chez les tiques pouvait être réduite de plus de 95% dans les écosystèmes où les populations de rongeurs (Peromyscus leucopus)  et d’écureuils (Tamias striatus) sont les plus dynamiques. Dans un commentaire pour la revue The Scientist, les chercheurs expliquent qu’en “absorbant l’infection”, les communautés diversifiées pourraient limiter le nombre de tiques porteuses de la bactérie Borrelia burgdorferi et réduire ainsi le risque de transmission à l’Homme. Une conclusion que partage Serge Morand : « De nombreux systèmes de régulation des pathogènes sont bouleversés. Nous avons moins de prédateurs importants tels que les lynx ou les loups qui contrôlent les populations de petits mammifères rongeurs, porteurs de microbes divers ou de tiques elles-mêmes vectrices. Ces prédateurs, en contrôlant l’abondance des rongeurs, réduisent la transmission des pathogènes. Les interactions des vivants perdent leur équilibre dynamique dans les écosystèmes perturbés et avec elle, la résilience des systèmes écologiques. Nous créons des pathosystèmes ».

Le fonctionnement des écosystèmes forestiers repose sur de nombreuses interactions entre animaux, végétaux, champignons, bactéries et virus, en constante évolution. La stabilité en forêt n’existe pas : même dans une forêt primaire très ancienne, l’écosystème est en perpétuel équilibre dynamique. De nombreux médicaments que nous utilisons aujourd’hui ou que nous découvrirons demain sont issus de cette formidable biodiversité. Une stratégie efficace pour éviter l’apparition de nouvelles maladies est donc de réduire la place qu’occupent les activités humaines au détriment des écosystèmes. Pas de détruire les écosystèmes.

Credit: Lewis Davis / Fern